认识到海贸的潜力之大，朱由检很快决定，由内府监和海军衙门航运署牵头，成立大明航运集团。
这个航运集团的主要任务，就是完善大明沿海的航线，把南北海运彻底打通，把南方和南洋的粮食运到北方来。
这是关系到大明稳定的大政策，朱由检看了一眼王体乾，吩咐他把自己说的话记下来：
“大明航运集团，首先要和沿海的卫所合作，在各地成立航运公司。”
“这些航运公司的任务，就是清理礁石、设置灯塔，维护当地航线。”
“每个航运公司负责一片地方，可以在合适的地方设立避风港和停靠点，对停靠的船只收取停泊费。”
“停泊的费用如何收取，郑彩你来说说。”
听到皇帝点自己的名，郑彩急忙根据以前的经验，说了个能接受的数字，又有些担心地道：
“有地方停靠自然是好，但是臣担心有些地方会坐地起价，甚至胡乱收税。”
这是现实问题，朱由检对沿海卫所的操守也没有丝毫信心，说道：
“各地停泊费用，朕会让大明航运集团设立一个标准，不允许他们乱收。”
“税收方面，只要有出港的纳税证明，沿途停靠点不得收税。只有在当地购买或贩卖货物，才在当地收税。”
“朕会让海关总署在各地成立分署，把沿海的一些卫所，转为海关税务所，专门负责收税。”
“停靠费用，也由海关税务所监督。有敢胡乱收取税费的，可以去海关举报。”
这种做法，或许无法杜绝乱收税费，却能让沿海卫所有个紧箍咒，知道有人盯着他们。
未来随着航运集团和海关总署的工作越来越完善，会减少这类事发生的概率。
同时，为了便于对各类船只收费，朱由检思索之后，向王体乾吩咐道：
“传令海军衙门，在海军学堂设立海洋研究院。”
“以舰艇专业的师生为主，设立舰船研究所。”
“研究各种吨位的船只，并且根据船只的长度和宽度，制定收费标准。”
说到这里，朱由检想到自己先前起意攻打吕宋的事情，又下令道：
“让舰船研究所设计几个标准船型，鼓励各地的商船、渔船采用，制定较低的停泊费用标准。”
“这些船只，要能远洋航行，可以在朝廷举行郑
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