到日本的他们成为了夹在合众国和日本之间的第三方，而且这前两者又不约而同地视他们为一类。以为能够轻易地迫使GHQ屈服、为源质基因公司重建其势力范围争取更有利条件的调查团没有料到他们会遭遇GHQ前所未有的抵制：前后花了半年多时间搜集各种罪证的调查团除了发现更多茎道修一郎一伙支持天启病毒邪教和日本复国抵抗运动的证据外，竟然一无所获。
头一次对合众国本土那与自己貌合神离的上级、盟友们表现出了强硬态度的GHQ高层并非不明白这样做的后果。虽然他们成功地排挤走了在日本更不受欢迎的调查团，白宫和国会山势必会因此重新考虑对待GHQ的措施。诚然，GHQ手中还有着一张能够要挟合众国甚至是全世界的底牌：愈发严重甚至能无中生有地创造天启病毒变异生物的疫情，但始终有所顾忌的GHQ高层还不想过早地沦为众矢之的。在GHQ和驻日UN维和部队（尤其是驻日美军）也成为合众国的制裁对象之前，他们必须尽快拥有自保能力并降低对合众国本土的依赖，否则源质基因公司的报复迟早会降临到他们的身上。
在东京天空树捡回了一条命的格里菲斯上校或许是最积极地清除源质基因公司残存影响力的人之一。准确地说，GHQ没必要铲除过去确实为防疫工作做出了不少贡献的源质基因公司日本分公司，只要确保远在美国的总公司无法对它继续发号施令即可。从幸存的日本分公司员工中寻找值得信任的代理人之前，GHQ已经先进行了内部整顿、将那些明明已经来到日本却仍然无法认清自身处境以至于神志不清地甘愿继续为源质基因公司等机构的利益代言的文官和军官边缘化。
“这样一来，我们和国内那些人的关系就会变得非常微妙。他们给我们送来了几十万已经被天启病毒感染的士兵以及落后的武器装备，这些支援……好吧，或多或少地强化了我们的军事力量，起码不是全无贡献。”私下里，每次都在GHQ高层的秘密会议上言辞激烈地指责茎道修一郎一伙以及他们背后的源质基因公司长期以来对GHQ不怀好意的格里菲斯上校也为GHQ的未来而担忧。他不无忧虑地对救了他一命的麦克尼
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