慎重对待为由，婉拒交出，只说需向佛祖祈福诵经，请示后再做决定。
地方上的佛官们也纷纷行动起来，他们串联各地寺庙，互通消息，一同抵制这次清查。
有的佛官在公堂上慷慨陈词，称寺院土地乃历代皇家恩赐、信众捐赠，用于弘扬佛法、普度众生，不应被随意审计清查；
还有的暗中指使信众到官府门前请愿，高呼“护寺保佛”的口号，试图给朝廷施加压力。
而少林寺僧人们的态度更是强硬。
寺中武僧日夜在寺院周边巡逻，如临大敌，一旦发现有可疑人员靠近土地田庄，便上前阻拦盘问。
他们还放出话来，若朝廷强行清查，便是对佛门的不敬，会激起僧众的反抗。
在这场朝廷与寺庙的对抗中，少林寺还搬出了过往的功绩。
他们提及少林僧兵抗倭的赫赫战功，称当年为保家卫国，众多僧兵血染沙场，如今朝廷却要清查他们的土地，实在是忘恩负义之举。
一时间，各大寺庙，特别是少林寺与地方官府的矛盾不断激化，局势陷入僵局 ……
刚开始的时候，负责此事的官员们不知该怎么办，在大明万历十七年正月二十三日。
部分消息传到皇宫后，朱翊钧勃然大怒。
真的大怒。
他召见了在京四品之上的官员，斥责其办事不力。
并在召见结束的时候，忽然道出了在这片土地上权力与宗教自古以来的定位。
“佛说‘普度众生’，当以慈悲护佑黎民生计……”
“朕言‘教化万方’，需以膏腴滋养天下蒙童，寺观占田千顷，若只为香火鼎盛，终是泥塑金身的虚耗，今将浮田充作学田，让稚子有书可读、寒士有田可耕，方是‘救人于厄’的真功德……”
“佛理在经卷，更在人间烟火里——让我大明朝每一寸土地长出稻麦，也长出未来，才是对天地、对苍生最实在的供奉……”
”朕让这帮和尚做好事，他们不愿意做，既然他们不愿意双手合十阿弥陀佛，那你们就帮他们双手合十阿弥陀佛吧……”
“他们在六月之前，不乖乖的阿弥陀佛，经手的官员，都老老实实的剃了头，找个寺庙做和尚的，这些官员都是读书人，容易考……我大明朝欢迎这些入了世做了官，又去当和尚的大师们……”