他急召兵部尚书陈新甲进宫来商量之后，便传下旨意命兵部右侍郎衔的总督陕西三边军务丁启睿接任杨嗣昌督师。
因此，丁启睿被升任兵部尚书，改称督师，又总督湖广、河南、四川及长江南北诸军，仍兼总督陕西三边军务，更赐给丁启睿尚方剑、飞鱼服及印信诸物。
崇祯皇帝在内心之中坚持认为，丁启睿虽也稍有些才干，但却决不能同杨嗣昌之能相比，可是他遍观朝廷内大臣，却再也找不出一个可以代他出任督师之人。
其实，早在杨嗣昌的死讯传入京城之前，就有一些科班言官纷纷上本弹劾他的罪款，但多无实据，崇祯皇帝都未予理会，可如今杨嗣昌死迅传来之后，弹劾攻击他的奏疏更多，每日都有新的弹章送入宫中。
崇祯皇帝对于杨嗣昌糜饷数百万，却剿“贼”无功，更致洛阳、襄阳接连失守，确实可恨，他一时冲动就下了一道上谕：“辅臣杨嗣昌二载瘁劳，一朝毕命。然功不掩过，其议罪以闻！”
那些科班言官御史们一见这道上谕，对杨嗣昌攻击弹劾也是越发猛烈起来，甚至还有人请求崇祯皇帝将杨嗣昌剖棺戮尸。
可崇祯皇帝心情略有平复之后，却常常想起当初在平台为杨嗣昌赐宴饯行时，他曾说如剿贼不成，必将“继之以死”的话，余音今犹在他的耳边。
他向来最恨朝廷上的门户之争，党同伐异，没有是非好坏之分，这种情况如今在弹劾杨嗣昌的一阵风中更是愈演愈烈。
崇祯皇帝对此很是生气，他命太监传谕六部、九卿、科、道等官速来乾清宫中。