但有卫所，还管辖诸侯领主，这就存在争议了。
理藩院掌院黄立极道：
“都护府管辖有藩属，臣以为当属于理藩院。”
“都护府的官员，由理藩院派遣。”
枢密院对此当然不同意，袁可立道：
“都护府为都司护军掌管，理当属于枢密院。”
“其管辖的卫所和藩属，都属于大明帝国土地。”
这是为皇帝争领地，朱由检当然同意，他说道：
“都护府、还有海外督抚管辖的军民府和卫所土地，都属于大明帝国领土。”
“这些地方的主官，要由九卿廷推。”
“管辖的藩属则由理藩院管辖，理藩院派遣官员，在这些地方做属官。”
“涉及藩属的事务，必须由理藩院官员副署，符合理藩院条例。”
以此解决理藩院和枢密院的争议。
黄立极是没胆子反抗皇帝的，但是他也得为理藩院争夺权力，脑筋转动说道：
“自贸区没有卫所、也不用派遣政务官员，应当归属理藩院。”
“这些地方是藩属还是大明帝国领土，恳请陛下决断。”
朱由检想着这些自贸区的作用，思索之后说道：
“自贸区仿照藩属评定星级，具体是哪一星按其人口、实力和上缴的赋税决定。”
“它们由自贸区居民自治，理藩院和当地所属督抚、藩属监管。”
把自贸区作为共同管辖的土地，没有划入大明帝国里面。
不过大明帝国派遣的督抚是能监察它们的，对各个自贸区也有一定影响力。
朱由检这么做，自然是为了多设些自贸区，让设立自贸区的藩属减少抵触情绪。
他对在海外扩张直辖领土是不怎么热心的，因为他知道以现在的交通和通信条件，根本管不过来。
成宣之后大明在海外设立的巡检司等据点逐渐消失，就是因为无法维持长久的控制力。
有鉴于此，朱由检倾向于把海外分封，只在重要地方设立军民府，作为大明帝国的直辖土地。
自贸区则作为类似租界的地方让居民自治，大明维护它们的地位，方便大明公民通过自贸区自由贸易。
这些划分出来后，群臣开始认识到帝国和天朝的不同，更加认识到理藩院的权力。首辅韩爌不满道：
“陛下，朝廷治理天朝，陛下治理帝国之外的地方为何专用理
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