兵部左侍郎闵梦得因为西南战事，也被继续留任。毕竟朱燮元准备发动的西南决战，大体就是按照他的策略。
朱由检想到这点，就对顶了闵梦得位子的张鹤鸣恨得牙痒痒。此人没有本事却谋取川贵总督职位，让水到渠成的平定奢安之乱向后拖延了两三年。所以他嘱咐逆案审判委员会，把张鹤鸣列入逆案，罚没非法收入。
空缺的兵部右侍郎，被署理太仆寺卿和兵部右侍郎的秦士文转任——
此人前段时间在岗位上累倒，朱由检就是为了酬功，也得把他升官。
再加上秦士文曾担任宣府巡抚，对北方边事比较熟悉，和熟悉南方的闵梦得能够互补，同样符合条件。
他留下来的太仆寺卿和兵部添注右侍郎，被陈奇瑜继续署理，在资格足够后实任。
任命了左右侍郎后，朱由检就要转向其它部，但是兵部尚书袁可立，却坚决要求任命专督京营侍郎，也就是以前的协理京营戎政：
“祖制以尚书、侍郎或右都御史协理京营戎政，使京营不至太过败坏。”
“陛下改为专督京营侍郎后，却一直没有任命。”
“如今京营之兵，多有虚冒，新设的护军都尉不能制。”
“请陛下任命专督京营侍郎，或者护军都尉之上的护军使。”
对于这个职位一直空缺，文官是很不满的。他们不允许京营这支力量，不受文官控制。
朱由检想到历史上明年发生的己巳之变，觉得无论还会不会发生，京营都需要整训，至少要有守城能力。
所以他打算严加整训京营，去年任命抚宁侯朱国弼担任神机营提督，就是在为这个做准备。
但是朱国弼整顿神机营的效果，不能让他满意。朱由检思索之后，觉得还是要用文官打破当前京营的格局，遂道：
“专督京营侍郎，改为京营护军使，兼任兵部侍郎。”
“袁卿有没有人选推荐？”
袁可立早就和左副都御史李邦华商议过，属意他担任此职。李邦华闻言立刻站出，陈述治军方略：
“京营之弊，首在虚冒占役。”
“臣以为当裁虚冒、清占役、补军伍，使京营的士兵，能按定额满员。”
“再则节马差、省马军、炼神器、习飞石，使京营之军，参照新军编练。”
徐光启练新军的事情，
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