凉州十一月某夜，有流星划过天空，光芒照进叛军军营中，驴马都嘶鸣起来，叛军认为这是不祥的征兆，准备退兵。董卓得知情况后大喜，次日，董卓与右扶风鲍鸿一同出击，大破叛军，斩首数千级。
叛军败回凉州金城郡榆中县。张温派遣周慎率三万人追击，董卓向张温提出领兵接应周慎，张温不许，让董卓率三万人讨伐先零羌。董卓派遣别部司马刘靖率四千人屯兵于安定郡，然后进军，董卓军在望垣县北被羌人、匈奴人包围，军粮不足，形势危急。董卓让士兵在渭水中假装拦水修堤，对外宣称是捕鱼，实际上让军队快速从堤下通过。等叛军发现后，已经追之不及。[8]当初张温派出有六路人马，其中五路人马，包括周慎都以失败告终，唯独董卓的军队全员班师，屯兵于右扶风。朝廷因功封董卓为斄乡侯，封邑一千户。
中平五年（188年），凉州叛军重新攻入右扶风，围攻陈仓县城。十一月，朝廷拜皇甫嵩为左将军，督前将军董卓，各率两万人救援陈仓。董卓向皇甫嵩建议急速进军，皇甫嵩认为：“陈仓县城防备坚固，凉州叛军必然无法攻克，我军只要按兵不动，以逸待劳即可取得全胜。”于是不听从董卓的建议。[10]朝廷征董卓为少府，董卓不肯受命，上书推辞：“我下属的湟中义从、匈奴士兵都来拦住我的车，苦求我不要抛弃他们，我制止不了他们，只能留下来宽慰他们，如果有情况有变我再向朝廷汇报。”朝廷也无可奈何，十分担忧。[11]中平六年（189年）春二月，凉州叛军围攻陈仓县城达八十余日不克，疲敝而退。皇甫嵩下令追击，董卓劝阻，认为“穷寇勿追，归众勿迫”，皇甫嵩则认为：“叛军是丧失斗志的疲师，而不是归众、穷寇”。随后，皇甫嵩让董卓负责殿后，自己率军追击，连战连胜，斩首万余级，叛军首领王国逃走后不久病死。董卓因此非常忌恨皇甫嵩。[12]灵帝得了重病，下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫嵩。董卓接受任命，但是不肯交出军队，上书辩解道：“我掌兵十年，士兵上下和我关系太好了，都要为我卖命，我乞求带这帮士兵去并州，效力边垂”。[13]皇甫郦劝说从父皇
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