伴随着奈良家的崛起，原先跟随平氏的忍者家族受到了巨大打击，比如赤沙一族就被流放到了蛮荒之地。
而源赖朝这样的野心家明明有推翻皇室的能力，却还是要与皇室共天下，所以造成了如今的复杂局势，也是乱象之源。
现在醒湖皇子正在招兵买马对付幕府，将再一次开启忍界大战。
摄关家韬光养晦多年，谁也不知道这么多年，他们到底积蓄了多大的力量。