苏晚棠坦白后的第二天，叶寒从保险柜中取出了一个他从未向任何人展示过的物件——父亲叶明远留下的日记本。
这本日记是他从父母故居的废墟中找到的。当年那场“车祸”发生后，父母的住所被警方封锁，后来又被清理拍卖。叶寒在成年后，辗转找到了当年负责清理房屋的人，花了一大笔钱，才从那人手中买回了一批被他私自扣留的遗物。这批遗物中，最重要的就是这本日记。
日记本的封面是深棕色的皮革，已经磨损得厉害，边角都起了毛边。封面上没有任何文字或标记，看起来就像一本普通的旧笔记本。但叶寒知道，这本日记里记载着父亲在参与“源质”研究期间的全部心路历程，以及他最终选择背叛葬花会的真正原因。
他一直没有完整地读过这本日记。不是因为不想，而是因为不敢。他害怕在那些文字中，看到一个与自己记忆中完全不同的父亲。但现在已经到了不得不读的时候——老先生在墓地等他，苏晚棠的女儿在葬花会手中，叶正的安全依然受到威胁。他需要知道父亲到底留下了什么，才能在接下来的行动中做出正确的判断。
他坐在安全屋地下室的桌前，打开台灯，翻开了日记的第一页。
日记从父亲加入葬花会前身组织的那一年开始记录。最初的文字充满了理想主义的热忱——父亲在日记中写道，他相信“源质”研究将为人类带来前所未有的进步，可以治愈疾病、延长寿命、甚至改变人类的进化方向。他与母亲苏晚晴一起，满怀激情地投入到了这项研究中，相信自己在做一件伟大的事情。
但随着研究的深入，日记中的语气开始发生变化。父亲开始注意到一些令他不安的现象——研究项目的资金来源于一些不愿公开身份的匿名捐赠者，实验数据被分为“可公开”和“绝密”两个版本，部分研究人员的突然失踪被解释为“正常的人员流动”。他开始怀疑，自己参与的这项研究，背后可能隐藏着不可告人的目的。
转折点出现在日记的中段。父亲记录了一次他与葬花会高层的秘密会面——那是在他提出想要了解更多研究背景和资金来源后，被“邀请”参加的一次会议。会议上，他第一次见到了葬花会的真正决策者。日记中没有写出
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