此时已崭露头角的朱成功。
而他的王妃，以及许多追随他多年的大臣，则在舟山陷落时，或力战而死，或被俘遇害。
1653年，到达金门后，鲁王彻底成了“客帅”，寄人篱下，仰仗朱成功的供给才能生存。
而朱成功此时尊奉的是西南的永历帝，与鲁王这位曾经的“监国”身份产生了根本矛盾。为了避免内部分裂，也或许是认清了大势已去，1653年，朱以海主动宣布取消“监国”称号。
此后，他名义上成为永历朝廷的臣属，实际上只是在金门、南澳等地，被郑成功“供奉”起来，由王忠孝、沈佺期等旧臣照顾，成了一个象征性的、被圈养的“前朝宗室”。
1662年，南明最后的皇帝永历帝在缅甸被俘的消息传来（次年被害）。
同年，那位收复台湾、可能是他最后依靠的“国姓爷”朱成功，也暴卒于台湾。
双重打击之下，这位失去了所有名义上和精神上依靠的流亡亲王，在无尽的凄凉、孤寂与绝望中，病逝于金门。
至死，他也未能再踏上大陆的土地，未能再看到一丝“复明”的希望。】
鲁王朱以海的一生，就此落幕。
从绍兴监国的短暂辉煌，到钱塘江畔的“壮志顿消”，再到海上十余年的颠沛流离，最终在寄人篱下、取消名号后郁郁而终。
他或许有过雄心，但缺乏魄力与决断；他依赖将领，却所托非人；他坚持抗清，却始终无力回天。
他的命运，几乎是南明所有流亡宗室的一个缩影——空有名义，难聚人心；将领跋扈，内耗不断；一战即溃，流亡至死。