员，释放出明确的甄别标准：首恶必办，胁从可查，不知情者、被裹挟者，若能主动交代、戴罪立功，可酌情从轻。这在一定程度上，分化了对手，也避免了大清洗演变成无差别的政治迫害，导致朝局彻底瘫痪。
第二把火：肃清宫闱，安顿内廷。
皇宫大内，从来不是清净之地。周元朗、三皇子势力盘根错节，宫内岂能没有眼线？尤其是皇帝风无极病重期间，其用药、饮食、起居，皆需严密监控。叶深深知，欲固外朝，先稳内廷。
在征得皇帝（实际上此时皇帝已几乎无法处理政务，大部分旨意由叶深与内阁商议后，以皇帝名义发出）同意后，叶深以“清查魔族细作，护卫圣躬安危”为名，对内廷进行了一次不动声色却又极为彻底的梳理。
大太监曹安，这位侍奉皇帝数十年、看似人畜无害的老人，被查出与周元朗有秘密金钱往来，并曾利用职务之便，多次泄露皇帝日常言行（非核心机密，但足以让外界判断皇帝身体状况和情绪），且与几名被挖出的“千瞳之盟”外围人员有过不明接触。证据面前，曹安面如死灰，未作多少辩解，便被秘密处决，对外宣称“突发急病，暴毙身亡”。
御医院中，两名负责为皇帝调配丹药的太医，被查出收受三皇子府巨额贿赂，在皇帝丹药中掺杂了某种药性相冲、长期服用会缓慢损耗元气的“辅料”（非致命毒药，但会加重病情，使其难以理事）。两人被下诏狱，严刑拷问，供出是受三皇子心腹指使，目的是让皇帝长期“静养”，以便三皇子揽权。此案震动了整个太医院，一批御医被清查、更换。
宫女、太监、侍卫，凡与周、风二人有过密接触，或行为可疑者，或被调离关键岗位，或被遣送出宫，或秘密审查。一时间，宫内人心惶惶，但叶深手段果决，赏罚分明，很快将局面稳定下来。新任的内廷总管，是一位资历较老、性格谨慎、与各方势力瓜葛较少的太监。皇帝身边的护卫，也换上了一批身家清白、忠诚可靠的御林军精锐。
第三把火：整饬边务，稳固国防。
神都内部在刮骨疗毒，边境亦不能乱。叶深以太师身份，接连发出数道钧令。
潼关外的十万北境精锐，依约后撤百里，在指定区域扎营，粮草由朝廷统
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