藏身的洞穴被炸药爆破或烟熏，补给线被彻底切断。
山林不再是庇护所，而是变成了无法逃脱的死亡陷阱。
经过近三个月的残酷清剿，奥羽地区最后的成建制抵抗被彻底粉碎。
大量顽抗的武士被击毙或俘虏，参与抵抗的村落被严厉惩罚。
新朝的“顺化营”在各处要地建立起来，开始甄别、关押和转运俘虏与“不稳定人口”。
…………
在对付本州顽抗的同时，新朝海军并未闲着。
郑沧澜分遣舰队，轻松攻占了防御薄弱的四国全岛和九州剩余未降区域。
稍具规模的，则是跨海远征虾夷地。
此时的虾夷地尚未被倭国完全同化，以阿伊努人为主，倭人移民和据点不多。
新朝舰队直接开进函馆湾，几乎没有遇到像样的海防。
登陆部队轻松击溃了少量幕府驻军和浪人武装，并展现了与对待倭人不同的态度——对愿意合作的阿伊努酋长给予赏赐和自治承诺，对倭人移民点则严加管控和清理。
至承平十二年秋，新朝龙旗已插遍倭国四大主岛所有重要城镇和战略要地。
零星抵抗虽仍时有发生，但已无法影响大局。
倭国作为一个有组织的政治实体，已然宣告灭亡。
占领、清算与同化——从根子上改造。
军事占领完成后，萧景筹划已久的系统性清除与华夏同化计划，开始全面、冷酷地实施。
第一步：政治清算与阶层摧毁。
天皇及公卿贵族：以“僭越称制、祸乱海疆”等罪名进行公审，大部分判处终身监禁于偏远海岛或内陆秘密地点，少数冥顽不灵者公开处决，彻底抹去其神圣性与政治象征。
幕府将军、各藩大名及高级武士家族：成年男性主要成员，除极少数早降且有功者外，几乎全部处决。
家族财产全部抄没，宅邸、城堡大多被焚毁或拆毁，以消除地标。
其家族余众，如妇孺、旁系全部打入“贱籍”，分批强制迁往华夏北真、西域、云贵等边远或新开发地区，分散安置，严禁聚居，从事最艰苦的开荒、筑路、采矿等劳役。
中下层武士、神官、僧侣等旧统治阶层骨干：进行严格甄别。顽固者处决或苦役；顺从者集中进行“思想改造”，学汉话、汉字，灌输新朝律法与忠君爱国思想
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