但职能和地位却颇为不同。
太祖时期的大都督府，已经被剥夺了宰相地位，只有统兵权和指挥权，没有调兵权、人事权、财政权。都督只是个单纯的统帅，没有宰执地位。
就这，太祖皇帝还不放心，认为大都督府兵权过重，又将大都督府一分为五的变成五军都督府。以至于都督府兵权越加衰微，职权很快就被文官把持的兵部侵夺。
此消彼长之下，兵权就落入了文臣的手里。兵部的权势由此恶性膨胀，几乎架空了皇帝的兵权。而五军都督府，完全沦为安置勋贵的闲散衙门。
朱寅在南京另立朝廷之后，第一时间就恢复大都督府，同时大幅削弱兵部职权，然后将大都督府提高到宋元枢密院的地位。兵部的职权，只剩下军费财政、后勤管理、军事行政。
如此一来，大都督府拥有调兵权、统兵权、指挥权、人事权，和宋朝时期的枢密院等量齐观了。
朱寅设左右大都督，作为大都督府主官。左右大都督之下，设置军机太尉四员、军机都尉八员，以下再设军师中郎将、录事参军若干。
左、右大都督其实也是宰相，相当于枢密使，位同宋朝的平章政事。在本朝，就和内阁大臣平级了。军机太尉相当于尚书，军机都尉和侍郎平级。
如此一来，武臣的地位空前提高。
朱寅又正式下令，恢复国初文武官员的平等地位。规定从今以后，文武官员之尊卑，只以各自品级为准。不管文武，品级高的为尊，品级低的为卑。同品级的地位相同，不分高低。
硬是用一道诏命，强行扭转一百多年形成的文尊武卑、重文轻武的传统！
文臣们虽然大多反对，可武将们都是这种改制的铁杆支持者，文臣反对无效，毫无意义。
接着，朱寅又以左大都督的名义，和戚继光在大都督府召开军议，商谈接下来的军务大事。
参加大都督府军议的将帅，除了朱寅和戚继光，还有军机太尉徐小白、丁火根，军机都尉杨应龙、宋万化、张袷、麻贵、董一元、秦良玉、李如柏、孙承宗等人。
除此之外，还有代表兵部参加的兵部右侍郎，冯梦龙。
大都督府神虎堂之内，摆放着特制的长桌，朱寅和戚继光并排坐在长桌的上首，一左一右。
戚继光已经封
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