恢复了一些。但是京营的掌控权，也落入文官手里。
后来宪宗、武宗、世宗在成化、正德、嘉靖年间都曾夺回京营，但在卫所制这个根基败坏的情况下，皇帝稍微放松掌控，京营就仍被文官夺取。
而且勋贵的无能、世官的腐败，也让他们掌管下的军队和卫所，还不如交给文官掌管。
朱由检登极后面临的也是这个情况，天启年间由阉党、勋贵掌管的京营，完全可以说是烂得没法再看。
他只能任命主动请缨的李邦华，负责整顿京营。以便在遇到建虏入侵时，京营能勉强依靠城池防御。
现在有满桂在草原上，建虏绕道草原入侵京城的可能变小。朱由检开始想夺回京营，改造得更有战力。
他面临的第一个对手，不是一直向京营渗透的文官，而是勋贵和世官之间，盘根错节的关系。
不把这个关系斩断，整顿京营时就束手束脚。即使他一时间夺回来，以后稍微放松就会糜烂，控制权也会失去。
有心把京营打造成皇室铁杆、手中利剑的朱由检，自然是不愿这样的。
他需要把京城的军队从上到下梳理一遍，保证他们的忠心和战斗力。
所以，面对杨嗣昌的劝说，朱由检道：
“杨卿说的情况，可以具体分析。”
“朕之前就下过命令，严惩崇祯元年以后还不收手的官员。”
“在此之前积累的弊端，则需要从长计议。”
这种历史遗留问题，已经到积重难返的地步。朱由检不可能对有关人员都严惩，只能严抓他登极之后这几年。
不过即使如此，杨嗣昌也觉得不可行。因为卫所名册就像黄册一样是烂账，根本没有人能理清楚。
他向皇帝一再劝说，不能要求所有军户回卫所，把他们强行迁徙：
“之前涿鹿三卫改制时，陛下曾经下令，允许分不到土地的军户转为民户。”
“臣以为京城的卫所即使迁到城外，也不可能拥有那么多土地。”
“不如允许他们转为民户，只把愿意种地的迁出去。”
这是曾在涿鹿区实行的政策，但是结束的原因也很简单——
那就是很多军户宁愿不要土地，也要转为民户。
这让朱由检只能结束这个政策，并且仿照在东宁卫设立的世袭军士，给有功军户授予世袭军士身份，
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