为六部尚书。
在右都御史被任命为何如宠接任后，左都御史一职，朱由检选择王在晋担任。
此人是南京吏部尚书，而且曾担任过河道总督、辽东经略等职务。朱由检看他有点能力，调他进京任职。
左副都御史仍旧是张梦鲸，因为负责移民，如今还在出外差。
此人做事勤勉，也是朱由检最担心的大臣之一，惟恐这个人被累坏。
甚至朱由检已经开始物色人选，换个人担任移民大臣。
佥都御史之中，刘宗周被转任礼部右侍郎兼太学祭酒，朱由检选择高弘图，接任调查总署职务。
负责检察总署的杨所修，被朱由检调任它职。他空出来的职位，由东林党出身的程注担任。
接下来要对很多阉党成员定罪，朱由检应韩爌的请求，选择他负责调查总署。
负责审计总署的许宗礼、廉政总署的周延儒，职位没有改变。朱由检让他们加强合作，检举贪腐官员。
十三道监察御史也有调整，朱由检任命了很多三法司出身的优秀人才。
甚至有明法科进士，被提拔为御史。这让明法科的吸引力，进一步提升起来。
都察院之后的大理院，掌院由南京兵部尚书崔景荣转任。
此人是推官出身，符合任职要求。大理寺级别后，也适合尚书转任。
再加上大理院掌院是九卿之一，对他不算亏待。
原本的大理寺左少卿姚士慎，这次被提升为大理院协理院事，级别定为正三品。
右少卿周家椿则提升为左少卿，稍稍提升了一点，仍旧是负责审判总署不变。
空出来的右少卿一职，被朱由检安排推官出身的原验封司郎中吕维祺担任，负责审刑总署。
这个人是洛阳新安人，在洛阳讲学颇有影响力。
朱由检从牛金星那里得知后，把他起复到朝廷任官。
最后的九卿衙门通政司，通政使吕图南被朱由检安排了重任。
他被派去南京担任兵部尚书，把北京已经完善的五院制度，在南京推行下去。
通政使一职，朱由检属意杨所修担任。这个人之前就是因为被阉党廷推为南京通政使，选择反水投靠皇帝。
他也可以说是铁杆帝党，是朱由检的一把利刃。
但是这个任命，遇到的阻力很大。因为杨所修不但东林党不待见，阉党
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