佥都御史刘可训，被任命执掌军事法庭，加正四品枢密承旨衔。
这两个机构由枢密院和都察院共管，主官兼任两院职衔。
枢密院的掌院，仍旧是枢密同知袁可立。他还兼任着参谋部长一职，这次也卸下了——
回到朝廷两年多，袁可立明显苍老了许多，朱由检担心累死这个老臣，把他的很多兼职都卸下了。
甚至还安排张景岳等御医体检，多次赐下人参、海参等补药。
接任参谋部长一职的，是原本的副部长杨嗣昌。
他制定的“四正六隅、十面张网”策略今年被实施，而且起到了成效。这次由副部长转为部长，被加了正三品枢密都承旨衔，允许参加枢密大臣会议。
后勤部长闵梦得，原本是兵部左侍郎，这次加正二品枢密佥事衔，是枢密院级别最高的大臣之一。
装备部长毕懋康，因为研制武器等功绩，被加衔从二品枢密同佥，同样是枢密大臣之一。
边防部长秦士文，被转任兵部左侍郎。他空出来的边防部长一职，被枢密院和兵部官员推举刘遵宪担任。
此人是万历三十二年进士，曾任大同巡抚、兵部尚书管左侍郎事，在天启年间因为阉党势大隐退。
他见朝政清明、皇帝有意用心边事，便主动来到京城谋求起复，为后代挣个爵位。
朱由检虽然没发现他有什么大才，但在交流之后，知道他是用心做事的，对工事也颇为精通，适合当前所需。
再加上如今的边防部主要就是负责长城沿线，刘遵宪出身大名府，知道边防的重要性。朱由检任命他担任边防部长，加从二品枢密同佥衔。
海军部长仍旧是喻安性，同样被加了从二品枢密同佥衔。
情报部长一职，仍旧是锦衣卫掌印兼任。郑士毅还因为之前的功绩，被加了从二品枢密同佥衔。
刑部这次的变动也很大，刑部尚书苏茂相身体不好，在担任九卿之后已经心满意足。再加上他在年前因为登极功被授予世袭男爵，再升也很难升上去。所以这次就请求致仕，连资政大臣都不当，想要落叶归根。
朱由检本就愁着晋江出身的大臣太多，对此很是乐见。给苏茂相加从一品柱国勋级、加太子太师衔，赐他驰驿回乡。
苏茂相空出来的尚书，朱由检原本属意左
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