提督负责下游，长江巡阅使负责中上游。”
“长江巡阅使之下，再设一专门的护军都尉常驻南京，执行护军职责。”
“中上游的兵马，同样要设置将领，作为长江提督下属。”
把长江上的兵马，仍旧是主要分成两部份：下游的南直隶段水师，中上游的长江巡阅府水师。
两部分又相互交叉，长江提督和巡阅使皆有权插手。
这样分别制衡，又各有侧重，文官都感到满意了，诚意伯刘孔昭也觉得不错。
因为这样一来，他就能插手长江中上游的兵马了，甚至能通过这支兵马，插手长江巡阅府。
这时朱由检又嘱咐他道：
“长江水师一定要严加操练，并且整顿战船等武器。”
“长江航道疏通后，沿途可能会出现水匪，长江水师要加强打击。”
“同时要防止走私，对沿江运货的船只，可随时进行抽检。”
“一旦发现漏税，可以让随行的税务司官员罚款。并且记录船主姓名和船号，给予警告处分。”
“警告次数多了，可以发放禁令，禁止其在长江上通行。”
对长江水师的设置，朱由检主要还是为了收税。同时有用税款养一支水师，为以后做准备的意思——
毕竟北方的灾害实在太严重，如果以后在北方待不下去，他可能会到南京去。那么长江水师，自然要加强建设。
刘孔昭听到长江水师有剿匪缉私的职权，顿时觉得自己之前的想法是对的，自己可以通过长江水师，插手长江巡阅府。
文官则不乐意了，兵部左侍郎闵梦得道：
“长江上不止有运货的，还有捕鱼的渔民。”
“若是让水师胡乱抽检，可能有碍民生。”
朱由检闻言皱眉，因为他对大明官兵的操守也不抱希望。所以思索之后，说道：
“那就定个标准，不准抽检小船。”
“例如三十吨或五十吨以下的，可以不用抽检。”
“低于这个吨位的船只，税务司予以免税。”
“但是客船必须登记，而且审查资格，发放营业执照。”
“对于船只有危险、或者船主船员有劣迹的船只，不准用于客运。”
这个政策，受到了很多官员欢迎。
因为皇帝的免税，很合他们胃口。
至于对客船发放执照，也是一件好事——
俗
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