大学有两个校区，一个是老校区，一个是新校区，新校区也是目前的主校区，占地近2000亩，有近两万的师生工作生活在主校区。
近些年来，随着考医热升温，医学院校也迎来了大规模的扩招潮，黄原医科大学作为省部共建、全省首屈一指的医科大学，不仅在省内久负盛名，在全国亦有挺高的知名度，而招生规模年年扩大，也让学校教学办公用房愈来愈紧张。
目前的主校区，虽然是后面搬迁新建的，但建成也有十来年了，当初的规划满足不了未来的发展需要，所以建立分校的计划被提上了日程。