起义规模空前盛大，直接震撼到了当时的汉灵帝刘宏，以及朝中重臣们。
然而黄巾军却不得民心，他们烧杀抢掠，无恶不作，如同蝗虫过境一般，毁灭一切。
东汉末年的政治虽然黑暗，但是官府对于各地百姓还是起到保护作用，甚至在黄巾起义后，各州郡都出现免除当地百姓一年至数年的税赋。
因此，东汉整个阶层全部团结起来，抵御黄巾军，这在历史上的农民起义中，也是非常罕见。
汉王朝内部矛盾立即化解，不仅党锢解除，而且汉灵帝还拿出自己卖官卖爵的钱财来进行武装东汉军队。
汉灵帝一共武装了北军五校与三河骑士，以及临时招募的新兵，共计八万人，由卢植、皇甫嵩、朱儁三人率领，再加上各地的政府军，以及普通百姓组织乡勇对抗黄巾军。
最终，仅仅九个月，轰轰烈烈的黄巾起义，就完全被消灭了。
然而，在黄巾军对抗官军的过程中，虽然他们没有经过专业训练，硬件装备又非常差，也没有得到百姓与豪族们的支持，导致黄巾军面对官军的战绩非常差。
但是，波才却在右中郎将朱儁进攻颍川时，不但率领黄巾军击败了“天姿聪亮，钦明神武，策无失谟，征无遗虑”的朱儁率领的北军，还包围了朱儁的禁军。
直到皇甫嵩与曹操各自率领军队前来，才化解了波才的包围圈。