不论钱士升怎么想的，朱慈炅向他抛出了全面变更南京八县官制的新官制。
在乡村，彻底废除了朱元璋的里甲粮长制。里长、里监、里宣令、里巡检四位从十品官员，乡长，乡老，乡监，乡宣令，乡训检所五位十品官员。其中里长、乡老都是由本地推荐受县衙考核任用。
里长乡老，负责民间调解，监督风化，组织乡民等，里监系统负责财务审核，黄册税收等事务，宣令系统负责将中枢政策政令传达，同时向上反应民情，以及乡里教育。巡检系统负责治安保障等。
在这次防疫中，里长要组织乡民隔离，负责救疫防疫物资分发。里监要统计本里病情资料，监督财物流向。里宣令要向村民宣讲防疫措施，防疫知识，通报疫情等。里巡检要协助组织隔离，同时打击偷盗，流窜等活动。
到了乡级这层，乡长乡老还要负责安置辖区流民，逃户。似乎是配合乡里设官，在县级机构也进行了全面调整。
正七品知县一人，进士或者考核优秀的下级官员提拔。废除县丞，改为从七品副知县，设四人，主管审判调解的法令，主管财务税收的钱令，主管科举宣传的学令，主管治安巡检的治令。
最让钱士升震惊的是县下六房主官，全部授官，还是相当于县丞的正八品，副官也是相当于主簿的正九品。连属吏衙役也有了官身，从十品，十品不等，甚至于原来的巡检司编入乡里巡检，原本不入流的仓、库大使，河泊所官，医学训科，僧会道会，运所大使，教谕、训导，批验、驿丞通通给官。
从此，南京无吏了，全是官。
朱慈炅还公布了官员提拔办法，不仅“以吏为官”，吏员还打通了晋升通道。如果真按照朱慈炅的方案实施，一个人二十岁为吏，如果一路顺利，六十以前甚至可以成为尚书侍郎。
南京将严禁所谓的师爷幕僚，知县等官员可以根据需要配置十品官为佐助。
钱士升收到的冲击还没有完，朱慈炅直接任命了八位新的副知县。
南京下辖的卫所除孝陵卫外全部撤销，卫指挥直接转任该县副知县，也就是治令。
溧水卫指挥使转任溧水县副县令，江淮卫指挥使转任江浦县副县令，龙江卫指挥使转任江宁县副县令，镇江卫指挥使转任句容县副县令，镇南卫指挥
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