14年前碇真嗣为了拯救凌波丽让初号机完全觉醒造成的大面积破坏。每一次冲击都是对人类的空前灭绝。
而第四次冲击，碇真嗣是重要的钥匙。
红色的海洋上，WILLE（意志）组织的舰队以最快的速度到达了太平洋的落点，将杜兰包围了。
WILLE是为了对抗执行人类补完计划的NERV（神经元）而成立的组织，负责人就是葛成美里。
杜兰不去理会这些黑洞洞的炮口，直接将睡了14年的碇真嗣从初号机里拉了出来，“还没死。”
“松开你的手，不然我开枪了！”清脆高亮的女声音响起，走出二号机的明日香举着一把手枪对着杜兰。
“我可是在救他。”杜兰拿着仙豆说道，同时手里的动作飞快地把仙豆塞在了男孩的嘴里。
“你在做什么？”事关碇真嗣的安全，明日香紧张地问道。
杜兰不再搭话，把男孩放好，站起来了看着周围的战舰，他知道初号机对于他们来说是重要的动力源。
号称拥有弑神之力的WUNDER（奇迹）需要初号机的核才能启动，这飞船可是WILLER组织最大的依仗。所以初号机势在必得。
杜兰看着这些气势汹汹的战舰转头对明日香说道，“这个少年交给我，初号机你们拿走。”
“……”明日香不知道杜兰在打什么主意。
“既然你已经默认，那么我们的交易达成。”明日香不可思议地看到杜兰和碇真嗣的样子竟然慢慢地变淡就好像要消失了一样，又听那神秘的男子说道，“重要的不是武器，而是能按下扳机的手，什么时候你们能了解到这点，你们就能更进一步。少年我带走了，再见。”
“消失了？”明日香放下手枪，在杜兰站过的地方找了下，却什么都没有了。到底发生什么了？其他人也从屏幕上看到了这一幕，一时间作战室里寂静一片。
杜兰最后一句话让美里非常在意，“立刻把那个人找出来，一定要找回初号机的驾驶员。”
此时杜兰带着碇真嗣坐在一家破败不堪的餐厅里，也就这么一张桌子还能坐人了。
少年已经醒了，可是他完全不认识对面的人，也不知道自己到底身处
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