实证史料之上。
钱谦益针锋相对，认同皇帝说的历史研究无禁区。有史料就要研究，辩证其中真伪。
朱由检不想听他们争起来，更不想在没打倒理学的时候，自己扶持的新学派就内部分裂，明确向他们道：
“历史研究，史料为先。”
“无论是否承认，史料都在那里。”
“如果你不分辨清楚把史料用上，它就可能被人先用来攻击你。”
“像宋儒一样剪裁史料，把不利于义理的史料视而不见，那是掩耳盗铃。”
“为了义理编造史料，更是可以称为学术不端。”
“用这种办法论证的义理，是无法指导实践的，更无法引以为鉴。”
“蛮夷杀过来时，可不认所谓的义理。”
对于义理史学，又是重重一击。
在明确宋朝灭亡属于亡天下后，群臣没少探讨其中原因。
如今按皇帝的说法，义理史学也是亡天下的原因之一：
宋儒对历史的认识从根子上就是错的，所以不能以史为鉴，从历史中汲取教训。
这种错误，平时还可以自欺欺人。但是到了蛮夷杀过来时，却挡不住刀剑。
如此惨痛的教训，让支持义理史学的尽皆沉默。
实证史学，确立了在历史领域的首要地位。
不过他们也受到限制，那就是史料可以随便研究，但是对外传播，却要符合义理。
如此方能让天下稳定，人心不致混乱。
义理史学以另一种形式，继续顽强生存。
同时，义理史学也开始发生进化，杜绝剪裁编造，提倡在著述历史时有显有晦、为尊者讳——
把不符合义理、不符合传主形象的事迹写得隐晦，这仍旧属于春秋笔法，却有没歪曲事实。在墓志铭、名宦志等写作上，非常受到欢迎。
两个学派一持史料、一持史观，相互争斗不熄。
——
不过对朱由检来说，在确定总的原则后，史学界的争斗已经不值得他注意了。
他探讨史学的原因是春秋注释，如今在确定用实证史学取代义理史学后，黄立极提议的春秋注释方法，也得到了认可。
他向群臣说道：
“先前黄卿曾说，注释春秋当先用黄帝纪元，再从《左传》等典籍中摘录发生的事，再参照《公羊传》《穀梁传》等解读义理。”
“朕对此深以为然
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